Unter großer Anteilnahme der Bevölkerunge sowie zahlreicher Bischöfen aus dem In- und Ausland, unter ihnen die Kardinäle Dr. Christoph Schönborn und Dr. Franz König sowie Nuntius Dr. Donato Squicciarini, Erzbischof Alois Wagner, Bischöfe aus den Diözesen Österreichs, sowie zahlreichen Priestern wurde Weihbischof Dr. Alois Stöger nach dem Requiem im Dom zu St. Pölten verabschiedet. Landeshauptmann Dr. Erwin Pröll war ebenfalls unter den Trauergästen.

Wir werden seine Güte nie vergessen
"Wir werden seine Güte und bewunderungswürdige Menschlichkeit nie vergessen", sagte Altbischof Dr. Franz Zak in der Predigt.  Als Theologiestudent habe er Dr. Alois Stöger als Spiritual im Priesterseminar erlebt und ihn später als Primizprediger gewählt. 19 Jahre lang habe er als Bischof mit Dr. Alois Stöger als ersten Weihbischof der Diözese zusammen gearbeitet. 
Bischof Stöger sei "nie ein lebensfremder oder einseitig frommer Priester und Bischof gewesen", sagte Bischof Zak. Er packte in allen Phasen seines Lebens , wohin er auch gestellt wurde, mit an und rufe auch heute die Menschen an: "Jammert nicht über die schlechten Zeiten und über die Krisen in der Kirche, sondern habt Vertrauen und macht euch ans Werk!" Er rufe zum "hoffenden und liebenden Glauben an den verborgenen, fernen, fordernden und so großmütigen Herrn, zum treuen Dienst an den suchenden und ringenden Menschen", betonte Bischof Zak.

Das Wort Gottes für die Menschen fassbar machen
Der Apostolische Nuntius in Österreich, DDr. Donato Squicciarini wies auf seine langjährigen Kontakte mit Weihbischof Stöger hin. Es sei ihm stets ein Herzensanliegen gewesen, "entsprechend seinem Wahlspruch: 'Das Wort ist Fleisch geworden' das Wort Gottes für die Menschen greifbarer und fassbarer werden zu lassen", sagte der Nuntius.
Diözesanbischof Dr. Kurt Krenn sprach abschließend noch einmal seinen Dank für die Leistungen von Weihbischof Dr. Alois Stöger als einen "treuen, heiligmäßigen Bischof, Seelsorger und Gelehrten" aus.

Die Beisetzung von Dr. Alois Stöger erfolgte am Nachmittag um 15. 30 Uhr am Schwesternfriedhof in Hainstetten.